Natural de Manacor, Joan Femenías comenzó a formarse en las categorías inferiores del Constància hasta que en 2013 ingresó en la cantera del Villarreal.
Durante la temporada 2018/19 disputó 22 partidos con el filial 'groguet', jugando además la promoción de ascenso a Segunda División por segundo año consecutivo. Esa fue la última de las siete campañas en el club castellonense.
En julio de 2019, tras acabar contrato con el Villarreal, firmó por el Fuenlabrada para competir en la Segunda División durante la temporada 2019/20 y otra más opcional.
En agosto de 2020, el manacorí llegó a un acuerdo con el Real Oviedo por dos temporadas. Pasado ese tiempo anunció su salida para marcharse al Levante, última parada antes de llegar a Zaragoza.