Aguirre llegó en marzo de 2022 a la isla en una situación deportiva complicada y logró el objetivo de la salvación en la última jornada. En su siguiente temporada, la 2022/23, consiguió la permanencia a falta de cuatro partidos para el cierre de LaLiga y posicionó al conjunto mallorquín en la novena plaza.
En la que ha sido su segunda campaña completa al frente del RCD Mallorca, el azteca ha llevado al club a protagonizar una las mayores hazañas de su historia: la presencia, dos décadas más tarde, en una final de la Copa del Rey -la cuarta en toda su existencia-. En LaLiga, el equipo ha vuelto a certificar una nueva permanencia.
Como entrenador, debutó en Atlante. Tras un brillante paso por Pachuca, volvió a España para hacer historia con Osasuna. No en vano, clasificó al equipo para una Champions que el Hamburgo finalmente frustró en la previa. Además, lo llevo a disputar su hasta la fecha única final de la Copa del Rey.
Su buen hacer le llevó al Atlético de Madrid. Después pasó por el Real Zaragoza y RCD Espanyol, antes de probar suerte en el fútbol árabe en el Al Wahda. En noviembre de 2019, regresó a nuestro país para convertirse en entrenador del CD Leganés, hasta el final de la temporada 2019/20.
Aunque asumió la dirección técnica con el equipo colista y lejos de la salvación, pronto consiguió buenos resultados. Sin embargo el equipo madrileño terminó descendiendo a Segunda División en la última jornada.
Su última experiencia hasta la llegada a Mallorca tuvo lugar con Monterrey, donde fue destituido el pasado 26 de febrero como entrenador de los Rayados, a los que les dio el título de la Liga de Campeones de la Concacaf.
Sin embargo, el 'Vasco' falló en el objetivo de llegar a la final del Mundial de Clubes disputado a inicios de febrero en el que quedó en quinto lugar y fue incapaz de ganar un trofeo de Liga en tres torneos al mando del Monterrey, la plantilla más valiosa en México.
Como seleccionador, dirigió a México durante dos etapas, incluyendo los Mundiales de 2002 y 2010, además de Japón y Egipto, este último como sustituto de Héctor Cúper.